משורר, סופר ומתרגם. רבים משיריו הולחנו ובוצעו על ידי זמרים ידועים ונהיו לחלק בלתי נפרד מהרפרטואר הארצישראלי המוכר והאהוב, ביניהם: "הרדופים ליד החוף", "נאסף תשרי", "חופים", "דוגית נוסעת", "שיר אהבה ישן" ("אניטה וחואן"). רבים משיריו אף תורגמו ובוצעו בשפות אחרות. נודע גם כמתרגם מיידיש לעברית - בין היתר, מיצירותיהם של איציק מאנגר ופרץ מרקיש. השכול תופס מקום נכבד בשירתו, ורבים משיריו הוקדשו לבנו ליאור שנפל במלחמת יום הכיפורים. היה עורך ראשי בספריית פועלים, חבר מליאת רשות השידור ויו"ר אגודת הסופרים ועסק בחינוך ובהוראה.
כתבי יד
קורות המסע לחצי האי סיני - כריכה
קורות המסע לחצי האי סיני 1
קורות המסע לחצי האי סיני 2
קורות המסע לחצי האי סיני 3
קורות המסע לחצי האי סיני 4
רשמים מאוקספורד 1
רשמים מאוקספורד 2
רשמים מאוקספורד 3
בסוף הדרך מילים ותווים
הערות של נתן יונתן יונתן 3
הערות של נתן יונתן על ביאליק 1
הערות של נתן יונתן על ביאליק 2
הפגישה באי סמוס 1
הפגישה באי סמוס 2-3
נתן יונתן כמו בלדה
אל הנירים והאפורים - דברים לדש הספר
נתן יונתן, טוב ללכת בדרכים, משמר לילדים 23.11.1950